يعتقد الكثير من السودانيين، بعد نحو عام على سقوط حكم «الإخوان المسلمين» الممتد لنحو 30 عاماً، أن نظام الإسلاميين لم يرحل بعد، وتكثر الاتهامات لهم بأنهم «يتحكمون في مصير البلاد والعباد، ويحكمون قبضتهم على مفاصل الدولة بالحديد والنار»، عبر كوادرهم داخل المؤسسات المهمة والاستراتيجية، «ويساهمون بقدر وافر في عرقلة سير المؤسسات»، ورغم قرارات تفكيك النظام التي صدرت أخيراً لملاحقة الفاسدين من قادة الإسلاميين ومن ارتكبوا جرائم بحق الشعب السوداني، فإن معظم قادتهم لا يزالون طلقاء، ويذهب البعض إلى تحميلهم مسؤولية كثير من الأزمات التي تمر بها البلاد، مثل أزمات الوقود والخبز والازدحام المروري وعمليات التهريب النشطة التي تتم عبر الحدود لكثير من السلع الاستراتيجية.